Ciao,
cleanuke è programmato per fare già cio' che tu richiedi.

Solo che nel file leggimi ho scritto solo il modo "veloce" per far apparire il menu e non ho parlato della funzione page_theme
e delle variabili $page_attr e $page_attr2.

Per risolvere qualsiasi dubbio e rispondere anche alla tua domanda, ho creato un topic-guida:
http://www.matteoiammarrone.com/public/adattare-tema-phpnuke-a-clean-nuke-t204.html